У меня была точно такая же ошибка. Когда я попытался запустить php -m из командной строки, он вытягивал соответствующие модули, поэтому я знал, что загружается правильный php.ini.
Однако на веб-сервере он продолжал извлекать мою корневую папку php как extension_dir независимо от того, что я изменил.
Я сделал пару вещей, и это, казалось, разрешило это.
Во-первых, я убедился, что путь, по которому мои расширения имеют права на чтение IIS_USer. Я не знаю, было ли это как-то связано с работой или нет, так как это само по себе ничего не сделало.
2-й, я вернулся в IIS Manager, загрузил сопоставления обработчиков, которые я использовал для первоначальной настройки обработчика php для использования FastCGI. Мне не нужно было ничего менять, но, подняв диалоговое окно и сохранив его, он запросил подтверждение.
После этого я вернулся на свою страницу phpinfo (), и она нашла нужную информацию о extensions_dir.
Надеюсь, это поможет кому-то в будущем.