Во-первых, вам нужен только один модальный div. Добавьте класс delete-yes
для удаления кнопки, чтобы мы могли позже заменить ее href с javascript
<div id="DangerModalalert" class="modal modal-edu-general FullColor-popup-DangerModal fade" role="dialog">
<div class="modal-dialog">
<div class="modal-content">
<div class="modal-close-area modal-close-df">
<a class="close" data-dismiss="modal" href="#"><i class="fa fa-close"></i></a>
</div>
<div class="modal-body">
<span class="glyphicon glyphicon-trash fa-2x"></span>
<h2>Delete Confirmation</h2>
<p>Are you sure you want to delete it?</p>
</div>
<div class="modal-footer danger-md">
<a data-dismiss="modal" href="#" style="background:red">No</a>
<a class="delete-yes" href="#" style="background:red">Yes</a>
</div>
</div>
</div>
</div>
Установить URL для удаления ссылки и класс delete-confirm
для привязки JS:
<a class="Danger danger-color delete-confirm" href="delete.php?id=<?php echo $row["id"];?>" data-toggle="modal" data-target="#DangerModalalert">
<i class="glyphicon glyphicon-trash"></i>
</a>
затем добавьте этот JS код для привязки события кнопки удаления
$(document).on("click", ".delete-confirm", function () {
var deleteUrl = $(this).attr('href');
$(".modal-body .delete-yes").attr('href', deleteUrl);
return false;
});