CSS выглядит правильно:
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="assets/css/main.css">
У вас есть ссылка на страницу? Или экран печати из инструмента инспектора.
Для JS, вставьте его внизу страницы, перед закрывающим тегом тела, например:
<script src="assets/js/myscriptfilename.js"></script>
Редактировать: Также имейте в виду, что Bluehost может активировать кэширование на сервере. Вам необходимо либо удалить sh этот кеш из их админ-панели / cpanel / directadmin, либо просто подождать некоторое время, пока кэш сам обновится. Кэш означает, что он может загружать старые файлы с неверными путями в ваш скрипт или css.