Ваш XML не правильно сформирован. у него две проблемы: (1) <?xml-stylesheet
строка закрыта неправильно. (2) Я закомментировал строку без закрывающего тега.
Просто сравните ваш исходный XML с XML ниже.
XML
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="no"?>
<!DOCTYPE fda-regional:fda-regional SYSTEM "http://www.accessdata.fda.gov/static/eCTD/us-regional-v3-3.dtd">
<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="http://www.accessdata.fda.gov/static/eCTD/us-regional"?>
<fda-regional:fda-regional dtd-version="3.3" xml:lang="text"
xmlns:fda-regional="http://www.ich.org/fda"
xmlns:xlink="http://www.w3c.org/1999/xlink">
<!--<fda-regional:fda-regional>-->
<m1-regional>
</m1-regional>
<m1-administrative-information-and-prescribing-information>
<m1-2-cover-letter>....</m1-2-cover-letter>
<m1-14-labeling>....</m1-14-labeling>
<m1-20-general-investigational-plan>....</m1-20-general-investigational-plan>
</m1-administrative-information-and-prescribing-information>
</fda-regional:fda-regional>