Механизм рендеринга javaScript в IE (исключая IE9) ужасно медленный, и в IE ваш DOM / HTML всегда будет отображаться с небольшой задержкой перед выполнением любого JS. Вам нужно либо установить стили через CSS вручную, либо скрыть div и запустить его через процесс resize-> delay-> fadeIn.
CSS:
<style> #yourDiv { visibility:hidden; } </style>
JQuery:
$('#yourDiv').width(...).height(...).delay(100).fadeIn(500);