Если я правильно понимаю ваш сценарий и вопросы, переходя к новому спринту (итерации), вы хотели бы разделить продолжительность итерации вашей команды. Команда А до двухнедельных итераций и Команда В до трехнедельных итераций
Если это правильно, то изменение продолжительности итерации вашей команды не должно влиять на доски, то есть на отставание и спринт. Возможно, вы захотите посмотреть на настройку потенциала члена вашей команды. Также убедитесь, что при создании новых итераций добавьте их в конфигурацию своей команды, и посмотрите, какая итерация по умолчанию для вашей команды.