Мой совет: старайтесь не использовать системные команды без необходимости. Вы используете Python, поэтому используйте доступные модули, которые идут с ним. Из того, что я вижу, вы пытаетесь удалить каталоги правильно? Тогда вы можете использовать модули, такие как Shutil. Пример:
import shutil
import os
path = os.path.join("c:\\","ProcessControlSimulator","bin") #example only
try:
shutil.rmtree(path)
except Exception,e:
print e
else:
print "removed"
есть и другие, такие как os.removedirs, os.remove, на которые вы можете посмотреть из документов.