Как я могу визуализировать чтение большого файла в формате numpy memmap? - PullRequest
0 голосов
/ 15 марта 2020

Я пытаюсь прочитать изображения в формате czi, но поскольку им нужно много памяти, я попытался прочитать их в файле memmap.

Вот код, который я использовал>

import czifile as czi
fileName = "Zimt3.czi"
# read file to binary
file = czi.CziFile(fileName)
imageArr = file.asarray(out="/media/my drive/Temp/temp.bin")

Теперь imageArr - это переменная с измерениями (9,3,29584,68084,1) в memmap. Это микроскопические изображения высокого разрешения c с устройства Carl Zeiss.

Вот скриншот с дополнительными характеристиками. ImageArr specifications

Я думаю, это означает, что imageArr содержит 9 изображений с размером (29584,68084,3), но я не могу извлечь этот вид массива numpy для визуализации в виде образ. Не могли бы вы помочь мне преобразовать (9,3,29584,68084,1) в memmap в (29584,68084,3) изображения, пожалуйста.

...