Что ж, после некоторой дополнительной отладки я понял, что выходной файл pylint ссылается на файлы исходного кода относительно того, где запускается pylint, а это не тот путь, который нужен Хадсону. По сути, для нарушений требовались пути относительно рабочей области Гудзона.