Вот страница, которая описывает это. https://neo4j.com/developer/guide-performance-tuning/
Вам необходимо отредактировать neo4j.conf и установить размер кучи с этими настройками,
dbms.memory.heap.initial_size
и
dbms.memory.heap.max_size
Установите для него значение, которое вы считаете подходящим для начала.
Go внимательно просмотрите первую ссылку и настройте другие параметры.
Также включите ведение журнала запросов, чтобы увидеть, как выполняются ваши запросы.
Попробуйте настройки и измените их при необходимости.