Трэвис С.И. - knitr и зависимости - PullRequest
0 голосов
/ 26 апреля 2020

Я использую travis для своего пакета для CI. Я получил ошибку на ma c на версии R версии devel. Вот ошибки, которые я получаю:

В версии выпуска:

Error in loadVignetteBuilder(pkgdir, TRUE) : 
  vignette builder 'knitr' not found
Execution halted
The command "R CMD build  ." failed and exited with 1 during .
Your build has been stopped.

В версии devel:

Installing packages into ‘/Users/travis/R/Library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Error: (converted from warning) unable to access index for repository https://cloud.r-project.org/bin/macosx/el-capitan/contrib/4.0:
  cannot open URL 'https://cloud.r-project.org/bin/macosx/el-capitan/contrib/4.0/PACKAGES'
Execution halted
The command "Rscript -e 'deps <- remotes::dev_package_deps(dependencies = NA);remotes::install_deps(dependencies = TRUE);if (!all(deps$package %in% installed.packages())) { message("missing: ", paste(setdiff(deps$package, installed.packages()), collapse=", ")); q(status = 1, save = "no")}'" failed and exited with 1 during .

Что касается ошибки в версии выпуска, я указал Предложения : knitr и VignetteBuilder: knitr в файле DESCRIPTION.
Ошибка в версии devel, которую я не понимаю. Похоже, ошибка на TRAVIS.

Это настройки в файле travis yml:

language: R
sudo: false
cache: packages
warnings_are_errors: true

os:
  - linux
  - osx

r:
  - oldrel
  - release

Есть предложения?

Ответы [ 2 ]

0 голосов
/ 03 мая 2020

Я добавил вручную установить все зависимости. Тогда проблема была в том, что devtools не был установлен, поэтому я добавил это тоже.

Это добавлено в travis yml

install:
  - R -e 'install.packages("devtools")'
  - R -e 'devtools::install_deps(dep = T)'

Удачи

0 голосов
/ 26 апреля 2020

R необходимо knitr для установки пакетов. Возможно, этот пакет отсутствует в вашей базовой среде (я не знаком с travis).

Не могли бы вы добавить шаг для явной установки, например

R -e 'install.packages("knitr")'
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...