Количество листьев - это количество конечных узлов, то есть тех, у которых после них нет ветвей. Это прямоугольники на диаграмме дерева Weka.
Размер дерева - это общее количество узлов в дереве, то есть терминальных узлов + нетерминальных узлов. Для моего примера ниже, Weka сообщает
Number of Leaves : 4
Size of the tree : 6