Конечно, вы можете использовать для этого традиционный фильтр сервлетов.
Добавьте фильтр в ваш web.xml, проверьте, какие заголовки аутентификации вы используете (Basic или Digest), выполните логику аутентификации на основе этих значений и сохраните результат в атрибуте сеанса. В своем ресурсе Джерси (вероятно, ctor) извлеките результат аутентификации из атрибута сеанса и продолжите обработку или нет, основываясь на том, требуется ли вам этот результат.
Ваш ресурсный ресурс на Джерси, вероятно, будет выглядеть так:
protected AbstractResource(@Context ServletContext servletContext,
@Context HttpServletRequest httpServletRequest) {
...
HttpSession session = httpServletRequest.getSession();
// get whatever you put in the session in the auth filter here and compare
}