Отвечая на мой собственный вопрос в случае, если кто-то столкнется с этой проблемой.
Единственное решение, которое я нашел (возможно, это не правильное решение или есть лучшее), это добавить
-Djavax.xml.parsers.DocumentBuilderFactory=org.apache.xerces.jaxp.DocumentBuilderFactoryImpl
в мой сценарий запуска и добавьте xercesImpl-2.12.0.jar
в мой classpath (версия может быть не важной, это только та, которую я использовал).