Если jHipster поддерживает Cassandra и MongoDB (как указано в документации), вам необходимо использовать Cosmos DB с этими API-интерфейсами. SQL API - это другой уровень API для взаимодействия с Cosmos DB, и если документация jHipster не указывает, поддерживает ли SQL API, то это не так.
CosmosDB является глобально распределенная управляемая база данных от Microsoft. Он совместим на уровне API с Cassandra и MongoDB, поэтому его можно использовать с приложением JHipster, созданным с использованием этих технологий.