Как уже упоминалось в комментариях, это проблема реактивности. Только установив все значение, используя определенные методы массива или метод. $ Set, можно активировать реактивность. Вам нужно сделать что-то более похожее на
const days = this.daysMatrix
days[indexProject][0].hours = 0
days[indexProject][1].hours = 0
//...
this.daysMatrix = days
или
this.daysMatrix[indexProject].forEach((value, index) => {
this.$set(this.daysMatrix[indexProject][index], 'hours', 0)
})