Чтобы отладить это, вам нужно посмотреть журнал запросов - особенно последовательность событий вокруг точки, в которой заканчивается загрузка данных и начинается первый модульный тест. Где-то подкралась база данных для отбрасывания?
Журнал запросов включается с помощью параметра в файле конфигурации:
MySQL Manual - 5.1.2 Опции команды сервера
Вы можете снова включить и выключить журнал из инструмента командной строки MySQL, но файл, в который он пишет, должен быть настроен в файле конфигурации, а сервер перезапущен.
Я уже сталкивался с подобной проблемой в тестовой среде с использованием реплик - в конце концов я обнаружил, что пишу мастеру и читаю из реплики. Иногда, если репликация была достаточно быстрой, некоторые тесты проходили бы успешно. Будьте осторожны, чтобы ваши тесты делали то, что, по вашему мнению, они делают.