Ваша функция должна работать нормально. Включая остановку, если больше нет файлов Excel.
Но вам нужно изменить это:
var files = DriveApp.getFilesByType(MimeType.MICROSOFT_EXCEL);
(при этом выполняется поиск по всему диску)
до
var files = folder.getFilesByType(MimeType.MICROSOFT_EXCEL);