Webpack по умолчанию ничего не экспортирует в глобальную область. Все, что вы импортируете в свои пакеты Webpack, находится в локальной области видимости модуля, представленного файлом, в котором вы работаете.
Чтобы сделать переменную доступной для глобальной области видимости, вы должны как-то ее выставить. Вы можете настроить что-то вроде expose-loader, чтобы сделать это. Вместо этого вы можете назначить переменную глобальной области, то есть окну, после ее импорта:
// app/javascript/packs/application.js
import * as d3 from "d3"
window.d3 = d3