У меня та же проблема. Я вполне уверен, что в этой версии Navigator есть ошибка, из-за которой изменение среды с помощью GUI фактически не меняет активной среды. Вы можете проверить, запустив следующий код:
import os
print('CONDA_DEFAULT_ENV:', os.environ['CONDA_DEFAULT_ENV'])
print('CONDA_PROMPT_MODIFIER:', os.environ['CONDA_PROMPT_MODIFIER'])
Если вы получаете один и тот же вывод независимо от того, как вы настроили среду, вы видите то же самое, что и я:
CONDA_DEFAULT_ENV: base
CONDA_PROMPT_MODIFIER: (base)