По сути, вы создаете пули внутри оружия, поэтому вы не можете видеть свои пули. Я создаю простую сцену и добавляю сферу в качестве пули, затем я понял, что сфера появляется в оружии (для меня в кубе). Если вы прибавите силу, все будет хорошо.
Предположим, что точка прицеливания находится где-то над стволом оружия,
Instantiate(projectile, shotPoint.position, transform.rotation);
Вы должны дать им силу,
GameObject projectile= Instantiate (prefab, position, rotation) as GameObject;
rb = projectile.GetComponent<Rigidbody>();
rb.AddForce (direction * speed);
Не забудьте добавить твердое тело к пуле