Я получил помощь от сообщества разногласий WebAssembly, и выясняется, что система сборки автоинструментов freetype не работает, но оказывается, что у них также есть система сборки cmake, которая прекрасно работает с emscripten
Используйте следующие шаги
mkdir build
cd build
emcmake cmake ..
emmake make
emmake make install