R (Sleuth and Shine) ОШИБКА: Текст, который должен быть написан, должен быть символьный вектор длины один - PullRequest
Новая
       13

R (Sleuth and Shine) ОШИБКА: Текст, который должен быть написан, должен быть символьный вектор длины один

0 голосов
/ 24 января 2020

Сводка: Используя пакет sleuth R (функция sleuth_prep), я создал «объект сна» (итак), суммирующий большой набор данных. Данные из этого объекта можно просматривать с помощью блестящего пользовательского интерфейса. Мой последний набор данных недоступен для просмотра с использованием глянца, в котором содержится сообщение об ошибке: «Текст, который должен быть написан, должен быть длиной в один символьный вектор».

Устранение неполадок на данный момент: Ранее созданный объект-невидимка, построенный таким же образом (so2), не выдает эту ошибку. Я проверил, что объекты принадлежат к одному и тому же классу. 

> class(so)
[1] "sleuth"
> class(so2)
[1] "sleuth"

Резюме выглядят одинаково 

> summary(so)
        sample reads_mapped reads_proc frac_mapped bootstraps_present bootstraps_used condition
1  FVB_liver_1     33816289   36697610      0.9215                100             100        WT
2  FVB_liver_2     36478533   38963302      0.9362                100             100        WT
3  FVB_liver_3     40626988   43364146      0.9369                100             100        WT
4  FVB_liver_4     35303810   37637905      0.9380                100             100        WT
5    WX6002_T1     38396582   62102743      0.6183                100             100    YAPoff
6    WX6002_T2     36351378   53109486      0.6845                100             100    YAPoff
7    WX6002_T3     40462819   61020949      0.6631                100             100    YAPoff
8    WX6002_T4     30090194   59349927      0.5070                100             100    YAPoff
9    WX6010_T1     41246285   75645277      0.5453                100             100     YAPon
10   WX6010_T2     39475401   64839546      0.6088                100             100     YAPon
11   WX6010_T3     35270771   57100780      0.6177                100             100     YAPon
12   WX6010_T4     36658193   56836101      0.6450                100             100     YAPon

> summary(so2)
     sample reads_mapped reads_proc frac_mapped bootstraps_present bootstraps_used condition
1 WX6002_T1     38396582   62102743      0.6183                100             100    YAPoff
2 WX6002_T2     36351378   53109486      0.6845                100             100    YAPoff
3 WX6002_T3     40462819   61020949      0.6631                100             100    YAPoff
4 WX6002_T4     30090194   59349927      0.5070                100             100    YAPoff
5 WX6010_T1     41246285   75645277      0.5453                100             100     YAPon
6 WX6010_T2     39475401   64839546      0.6088                100             100     YAPon
7 WX6010_T3     35270771   57100780      0.6177                100             100     YAPon
8 WX6010_T4     36658193   56836101      0.6450                100             100     YAPon

Метаданные были сконструированы одинаково для обоих наборов данных 

#so
> condition = c(rep.int("WT",4),rep.int("YAPoff",4),rep.int("YAPon",4)) 
> samples=c("FVB_liver_1","FVB_liver_2","FVB_liver_3","FVB_liver_4","WX6002_T1","WX6002_T2","WX6002_T3","WX6002_T4","WX6010_T1","WX6010_T2","WX6010_T3","WX6010_T4")
> kal_dirs <- file.path("bootstrap_WX", samples)
> 
> s2c <- data.frame(sample=samples, condition = condition,path=kal_dirs, stringsAsFactors=FALSE)
> s2c
        sample condition                     path
1  FVB_liver_1        WT bootstrap_WX/FVB_liver_1
2  FVB_liver_2        WT bootstrap_WX/FVB_liver_2
3  FVB_liver_3        WT bootstrap_WX/FVB_liver_3
4  FVB_liver_4        WT bootstrap_WX/FVB_liver_4
5    WX6002_T1    YAPoff   bootstrap_WX/WX6002_T1
6    WX6002_T2    YAPoff   bootstrap_WX/WX6002_T2
7    WX6002_T3    YAPoff   bootstrap_WX/WX6002_T3
8    WX6002_T4    YAPoff   bootstrap_WX/WX6002_T4
9    WX6010_T1     YAPon   bootstrap_WX/WX6010_T1
10   WX6010_T2     YAPon   bootstrap_WX/WX6010_T2
11   WX6010_T3     YAPon   bootstrap_WX/WX6010_T3
12   WX6010_T4     YAPon   bootstrap_WX/WX6010_T4

#so2
> condition = c(rep.int("YAPoff",4),rep.int("YAPon",4)) 
> samples=c("WX6002_T1","WX6002_T2","WX6002_T3","WX6002_T4","WX6010_T1","WX6010_T2","WX6010_T3","WX6010_T4")
> kal_dirs <- file.path("bootstrap_WX", samples)
> 
> s2c <- data.frame(sample=samples, condition = condition,path=kal_dirs, stringsAsFactors=FALSE)
> s2c
     sample condition                   path
1 WX6002_T1    YAPoff bootstrap_WX/WX6002_T1
2 WX6002_T2    YAPoff bootstrap_WX/WX6002_T2
3 WX6002_T3    YAPoff bootstrap_WX/WX6002_T3
4 WX6002_T4    YAPoff bootstrap_WX/WX6002_T4
5 WX6010_T1     YAPon bootstrap_WX/WX6010_T1
6 WX6010_T2     YAPon bootstrap_WX/WX6010_T2
7 WX6010_T3     YAPon bootstrap_WX/WX6010_T3
8 WX6010_T4     YAPon bootstrap_WX/WX6010_T4

Я посмотрел на ответ ниже, чтобы попытаться понять причину root.

Как решить следующую ошибку? Ввод должен быть символьным вектором любой длины или список векторов символов, каждый из которых имеет длину 1.

К сожалению, я просто не в себе. Я надеюсь, что я могу изменить s2 c или около того (с tidytext?) Для устранения этой ошибки. Любая помощь приветствуется.

...