Это происходит из-за того, что сигнал получен программой и возможно пропустить перерыв. Он останавливается не из-за отсутствия исходного файла, в моем случае - отсутствующий файл совпадает только и только из-за отсутствия файла отладчик не остановится. В консоли отладчика я заметил следующее:
Program received signal SIG34, Real-time event 34.
0x00007ffff78f2ff7 in __GI___select (nfds=7, at ../sysdeps/unix/sysv/linux/select.c:41 in ../sysdeps/unix/sysv/linux/select.c
Этот перерыв из-за сигнала. Документация говорит, что можно пропустить прерывание по сигналам, используя команду handle. Я использовал следующую команду GDB:
(gdb) handle SIG34 nonstop
Теперь программа не прерывается (в консоли есть уведомление о каждом сигнале).