Из комментариев мы пришли к выводу:
$ cygcheck -c perl_base
Cygwin Package Information
Package Version Status
perl_base 5.30.1-1 OK
$ cygcheck -c perl
Cygwin Package Information
Package Version Status
perl 5.26.3-2 OK
В какой-то момент пакет perl_base
(необходимые файлы) был обновлен. perl_base
не зависит от perl
(остальная часть ядра perl), поэтому пакет perl
в то время не обновлялся.
Эти два пакета необходимо обновить на этапе , Расхождения в версиях вызывают проблему. Обновление пакета perl
для соответствия решило проблему.