Какой лучший выбор?
Это зависит от ваших потребностей и предпочтений.
Какие плюсы и минусы?
Это может помочь: Преимущества JavaConfig над XML конфигурациями в Spring?
В контексте Spring Batch я вижу одно преимущество XML config над Java config - это возможность изменить определение задания (например, изменить порядок шагов) без необходимости перекомпилировать приложение . Кроме этого, я бы go для Java config.
Будет XML Config устарела?
Нет, по крайней мере, не в краткосрочной перспективе , Мы следим за другими проектами Spring для такого рода решений. Если однажды XML config будет признана устаревшей, мы будем следовать тому же решению для обеспечения согласованности с другими проектами из портфолио.