Нет. Если вы хотите протестировать настройку виртуальной машины, вам необходимо использовать технологию виртуализации. Среды выполнения виртуальной машины и Docker сильно отличаются друг от друга, и вы не можете просто заменить одну технологию другой. При обычном запуске Linux VM будет запущено множество демонов и сценариев запуска - systemd, crond, sshd, ifconfig, cloud-init, ... - но контейнер Docker запустит none из этих и будет запускать только один процесс в контейнере.
Если ваш скрипт cloud-init в конечном счете выполняет команду docker run, вы можете предоставить альтернативную команду этому контейнеру так же, как вы могли бы docker run в ваша система разработки. Но контейнер Docker не будет искать такие места, как служба метаданных EC2, чтобы обычно находить свою собственную конфигурацию, и было бы необычно для контейнера вообще запускать cloud-init.