Ошибка с awk (перевод строки или конец строки)

Question

У меня проблема со следующей командой:

awk ‘{if ($1 ~ /^##contig/) {next}else if ($1 ~ /^#/) {print $0; next}else {print $0 | “sort -k1,1V -k2,2n”}’ file.vcf > out.vcf

Выдает следующую ошибку:

^ unexpected newline or end of string 

Answer 1

Ваша команда содержит «причудливые кавычки» вместо обычных, в дополнение к отсутствующим }.

awk '{if ($1 ~ /^##contig/) {next} else if ($1 ~ /^#/) {print $0; next} else {print $0 | "sort -k1,1V -k2,2n"} }' file.vcf > out.vcf

Изменение вашей команды на вышеприведенную должно работать должным образом.