Сначала остановите службу, затем вы можете отключить или удалить ее.
Остановить службу: net stop MongoDB
Отключить службу: sc config MongoDB start=disabled
Удалить service: mongod.exe --config <MongoDB configuration file> --remove
или sc.exe delete MongoDB
Или все эти действия можно выполнить также с помощью мыши в консоли служб.