Вы можете динамически изменять режим выборки для запроса.
IList cats = sess.CreateCriteria(typeof(Cat))
.Add( Expression.Like("Name", "Fritz%") )
.SetFetchMode("Mate", FetchMode.Eager)
.SetFetchMode("Kittens", FetchMode.Eager)
.List();
См. Раздел 12.5 документации .