Yum (и DNF) - системная утилита, построенная на основе RPM. Yum вызывает rpmlib, и если вы устанавливаете пакет с помощью Yum, вы можете удалить его с помощью RPM и наоборот.
Я никогда не использовал Homebrew, но из быстрой проверки Homebrew специально разработан для поддержки отдельного пользовательского ресурса. иерархия каталогов. Это ортогонально философии RPM, поэтому я предполагаю, что если вы устанавливаете что-то с помощью Homebrew, это не может быть обработано RPM.