Из описания вашей проблемы: «Я хочу, чтобы все они (включая некоторые другие файлы) были в одном репозитории git, но в разных каталогах, например, код Arduino, проект IntelliJ и другие файлы в разных каталогах»
Вы должны иметь структуру каталогов, такую как
myProject/
├── .git
├── ArduinoCode
├── JavaCode
└── someFolder
Таким образом, это означает, что вам нужно "git init" в папке вашего проекта.
Кстати, о IntelliJ Version Control System - после открытия проекта вы увидите окно инструмента «Git» в нижней части окна. Если нет, пожалуйста, go до Настройки | Контроль версий и проверьте, видите ли вы каталог с инициализацией git в списке.