Вы можете сделать это намного проще. Как уже говорили другие, вы можете вызвать replace дважды, потому что она возвращает строку, так что вы можете сделать ...
for line in file:
x=line.replace('(', "").replace(')', "")
file_1.writelines(x)
Вам на самом деле тоже не нужен x, так что вы можете объединить их в одна линия. Работает потому, что функция replace продолжает возвращать строку.
for line in file:
file_1.writelines(line.replace('(', "").replace(')', ""))
И теперь, когда это одна строка для l oop, мы можем сделать это еще проще для понимания списка. Создание всей программы
file=open('file.txt', 'r')
file_1=open('file_1.txt', 'w')
[file_1.writelines(line.replace('(', "").replace(')', "")) for line in file]
Не стесняйтесь задавать вопросы.