Теперь это работает
, объявив переменную $ docs пустой массив внутри первого foreach l oop ... благодаря marjameson
//Declare global empty array
$nodes = [];
foreach($getStations as $key => $step){
//Declare docs empty array
$docs = [];
foreach($docs as $key=>$val) {
$docs[] = array(
"id" =>"$val[0]",
"title" => "$val[2]",
"class" => "color$color"
);
}//second foreach
$nodes[] = array(
"id"=>"step_ID",
"title"=>"Some Title",
"class"=>"Some Class",
"item" =>$docs //Pushing the array $docs
);
}//end main foreach
//Display the result
echo json_encode($nodes);