/ dev / xvda - это ваш root том, поэтому просто добавьте для него BlockDeviceMappng с нужным размером.
Resources:
EC2Instance:
Type: AWS::EC2::Instance
Properties:
BlockDeviceMappings:
# /root volume
- DeviceName: /dev/xvda
Ebs:
DeleteOnTermination: true
VolumeSize: 256
VolumeType: gp2