python клик: «получил неожиданные дополнительные аргументы» - PullRequest
Новая
       3

python клик: «получил неожиданные дополнительные аргументы»

0 голосов
/ 06 апреля 2020

Я написал небольшой и простой интерфейс с Click, я получаю эту ошибку «Ошибка: получены неожиданные дополнительные аргументы», и я просто не могу понять, почему это происходит?

Вот мой setup.py : 

from setuptools import setup, find_packages

setup(
    name = "transcov",
    description = "A software for mapping coverage around transcription start sites",
    packages=find_packages("src"),
    package_dir={"": "src"},
    #test_suite="test",
    install_requires=['pysam>=0.15.4', 'numpy>=1.18.1', 'attrs>=19.3.0', 'click>=7.1.1'],
    entry_points={
        'console_scripts': ['transcov = transcov.cli:cli'],
    },
    include_package_data=True,
)

Вот мой файл cli.py: 

import click

from .generator import generate_coverage_matrix
from .preprocessor import preprocess
from .collapser import collapse

@click.group()
def cli():
    pass

@cli.command()
@click.argument('annotation_file')
@click.option('-o', '--output-file', default='transcription_start_sites.tsv')
def preprocess(annotation_file, output_file):
    preprocess(annotation_file, output_file)

@cli.command()
@click.argument('bam_file')
@click.argument('tss_file')
@click.option('-k', '--region-size', default=10000)
@click.option('-o', '--output-file', default='coverage_matrix.npy')
def generate(bam_file, tss_file, region_size, output_file):
    generate_coverage_matrix(bam_file, tss_file, region_size, output_file)

@cli.command()
@click.argument('matrices', nargs=-1)
@click.option('-o', '--output-file', default='collapsed_matrix.npy')
@click.option('--uint32', is_flag=True)
def collapse(matrices, output_file, uint32):
    if len(matrices) > 0:
        collapse(matrices, output_file, uint32)

А вот ошибка, которую я получаю при вызове моей программы: 

$ transcov preprocess -o gencodes/gencode.v19.annotation.tss.tsv gencodes/gencode.v19.annotation.gff3
Usage: gencodes/gencode.v19.annotation.tss.tsv [OPTIONS] ANNOTATION_FILE
Try 'gencodes/gencode.v19.annotation.tss.tsv --help' for help.

Error: Got unexpected extra arguments (e n c o d e s / g e n c o d e . v 1 9 . a n n o t a t i o n . g f f 3)

Кто-нибудь есть идеи, почему это происходит? Я что-то пропустил?

1 Ответ

1 голос
/ 06 апреля 2020

Ваша preprocess функция вызывает сама себя, что приводит к ошибке «неожиданные дополнительные аргументы» (см. Нажмите: «Получены неожиданные дополнительные аргументы» при передаче строки для аналогичного случая). Это связано с тем, что его определение скрывает то, что вы импортировали из .preprocessor.

. Вместо этого следует импортировать внешнюю функцию preprocess, используя другое имя, например: 

from .preprocessor import preprocess as _preprocess

@cli.command()
@click.argument('annotation_file')
@click.option('-o', '--output-file', default='transcription_start_sites.tsv')
def preprocess(annotation_file, output_file):
    _preprocess(annotation_file, output_file)

В качестве альтернативы, Вы можете импортировать модуль preprocessor: 

from . import preprocessor

, а затем получить доступ к функции, используя: 

preprocessor.preprocess
...