Я никогда не использую pandas инструменты для черчения. График от pandas работает нормально, я просто предпочитаю придерживаться своей рутины. Я создаю фигуры вручную, так что это один из вариантов. Вот пример:
import pylab as pl
fig = pl.figure(figsize=(3.25, 2.5))
ax0 = fig.add_subplot(111)
ax0.bar(df.index, df.groupby('gen_1')['pid'].nunique())
ax0.bar(df.index, df.groupby('gen_2')['pid'].nunique())
ax0.bar(df.index, df.groupby('gen_3')['pid'].nunique())
fig.show()
pl.savefig("filename.png", bbox_inches="tight", dpi=500)
pl.close("all")