Как я понял вопрос - вы должны удалить символическую ссылку на каталог, но сделайте символическую ссылку для каждого файла в каталоге на целевой каталог. Таким образом, у вас будет две нормальные директории и много символических ссылок для файлов.
Только так вы можете удалить один конкретный файл в целевой директории и при этом оставить его в исходной директории
Если вы хотите сделать он работает в обоих направлениях - чтобы удалить файл в исходном каталоге и по-прежнему иметь его в целевой папке - создать не символическую ссылку, а жесткую ссылку с ln для каждого файла.