Рендеринг прозрачных объектов не может быть сделан совершенно правильно. Сначала необходимо визуализировать любые непрозрачные объекты, а затем визуализировать прозрачные поверхности сзади и спереди, чтобы любые новые объекты накладывались поверх того, что было за ним. Есть ряд случаев, когда это невозможно сделать, особенно при рендеринге прозрачных объектов, которые могут перекрываться друг с другом.
Исправление этого включает в себя разрезание проблемных c объектов (даже отдельных треугольников) на более мелкие кусочки, чтобы порядок может быть сохранен, и это часто почти невозможно. Поскольку вы работаете с Three. js, посмотрите, не могли бы вы изменить свой дизайн, чтобы это не было проблемой или чтобы артефакты неправильного порядка рендеринга не были слишком заметны.