Вы можете использовать unlist
:
data.frame(x = unlist(df), row.names = NULL)
# x
#1 1
#2 2
#3 3
#4 2
#5 4
#6 3
#7 3
#8 5
#9 6
Или преобразовать в матрицу:
data.frame(x = c(as.matrix(df)), row.names = NULL)
data
df <- structure(list(A = 1:3, B = c(2L, 4L, 3L), C = c(3L, 5L, 6L)),
class = "data.frame", row.names = c(NA, -3L))