Входные данные и соответствующие выходные данные модели имеют формы X = (batch_size, ....), y = (batch_size, ....). В случае нескольких входов вы можете определить несколько входных слоев и подавать их для различных экземпляров вашей модели:
inp_A = Input(shape=(...))
inp_B = Input(shape=(...))
pred_A = create_model(inp_A)
pred_B = create_model(inp_B)
*** Other layers and code ****
model = Model(inputs=[inp_A, inp_B], outputs=out)
*** Other code ***
Затем вы можете вызвать model.fit с передачей списка входов и одного вывода.