Проблема, с которой вы столкнулись, заключается в том, что метод переключения переключает между наличием и отсутствием указанного вами класса.
Следующая строка кода будет только добавлять / удалять класс fa-times из вашего значка .
y.classList.toggle('fa-times');
Если вы хотите переключаться между 'fa-bars' и 'fa-times', вам нужно переключиться для обоих классов.
y.classList.toggle('fa-times');
y.classList.toggle('fa-bars');