То, что вы сделали в своем вопросе, совершенно правильно. Не меняй это.
Если вы не в многомодульном проекте, то обычно не использует groupId или версию родительского элемента. Мы делаем это все время.
Мне просто интересно, откуда вы получаете предупреждения. Они в сборке Maven? Или в Затмении?
Может быть, скопируйте / вставьте их, чтобы мы могли их проверить.
Подведены итоги: с вашим POM все в порядке, предупреждения - просто шум или руб sh (если вы не в многомодульный проект).