привет, я хочу создать TSNE сюжет по моему набору данных в R. но когда я пишу команды, я получаю эту ошибку

Question

library(Rtsne)

setwd("n/g")

expression_data <- read.table(file = "zdata.matrix.xlsx", row.names = 1, sep=',', header = T)
meta_data <- read.table(file = "atac_v1_pbmc_10k_singlecell.xlsx", row.names = 1, sep=',', header = T)

tsne_realData <- Rtsne(expression_data, perplexity=10, check_duplicates = FALSE)

# Error in terms.formula(object, data = data) : 
#  '.' in formula and no 'data' argument

Answer 1

Я кратко ознакомился с документацией к пакету Rtsne , а функция Rtsne () требует, чтобы формат данных был матричным. Попробуйте преобразовать expression_data в матрицу, прежде чем передавать его в функцию Rtsne. Вы можете сделать это так:

library(Rtsne)

setwd("n/g")

expression_data <- read.table(file = "zdata.matrix.xlsx", row.names = 1, sep=',', header = T)
meta_data <- read.table(file = "atac_v1_pbmc_10k_singlecell.xlsx", row.names = 1, sep=',', header = T)
expression_matrix <- as.matrix(expression_data)

tsne_realData <- Rtsne(expression_matrix, perplexity=10, check_duplicates = FALSE)