R ggtree: Как пометить одну вершину дерева с помощью ggtree, аналогично маркировке узлов с помощью geom_cladelabel - PullRequest
Новая
       93

R ggtree: Как пометить одну вершину дерева с помощью ggtree, аналогично маркировке узлов с помощью geom_cladelabel

4 голосов
/ 16 марта 2020

У меня проблемы с маркировкой отдельных подсказок в моем дереве с помощью ggtree. Я пытаюсь выделить и пометить узлы из дерева с помощью geom_hilight и geom_cladelabel. Кажется, что это нормально работает с узлами, которые имеют более 1 вершины дерева, но когда я пытаюсь пометить одну подсказку, я получаю предупреждающее сообщение, и подсказка не помечается.

Пример: 

library(dplyr)
library(ggtree)

library(dplyr)
library(ggtree)

#Create tree
set.seed(123)
tree <- rtree(30)
ggtree(tree)

#Highlight and label clade
ggtree(tree) + geom_text(aes(label=node)) + geom_tiplab(size=3, offset=0.1) +
  geom_hilight(node=3, fill="steelblue", alpha=0.5) +
  geom_hilight(node=38, fill="pink", alpha=0.5) +
    geom_cladelabel(node=38, label="clade 2", align=T, 
                  color='black', fontsize=4)

enter image description here

Как видите, я могу выделить оба узла 38 и 3 с помощью geom_hilight , Я также пометил узел 38 с текстом «Clade 2» с помощью geom_cladelabel.

Однако, когда я пытаюсь пометить узел 3 с помощью geom_cladelabel, я получаю предупреждающее сообщение: 

#Highlight and label single tip
ggtree(tree) + geom_text(aes(label=node)) + geom_tiplab(size=3, offset=0.1) +
  geom_hilight(node=3, fill="steelblue", alpha=0.5) +
  geom_hilight(node=38, fill="pink", alpha=0.5) +
    geom_cladelabel(node=3, label="clade 1", align=T, 
                  color='black', fontsize=4) +
    geom_cladelabel(node=38, label="clade 2", align=T, 
                  color='black', fontsize=4)

Warning messages:
1: In max(sp.df$x, na.rm = TRUE) :
  no non-missing arguments to max; returning -Inf
2: In min(y) : no non-missing arguments to min; returning Inf
3: In max(y) : no non-missing arguments to max; returning -Inf
4: In max(sp.df$x, na.rm = TRUE) :
  no non-missing arguments to max; returning -Inf
5: In min(y) : no non-missing arguments to min; returning Inf
6: In max(y) : no non-missing arguments to max; returning -Inf

По какой-то причине строка из метки клада закрывает все дерево: enter image description here

Есть ли способ, которым я могу пометить один наконечник таким же образом, как это делает clade_geomlabel для обычных узлов?

Любая помощь приветствуется.

1 Ответ

1 голос
/ 23 марта 2020

Это не совсем ответ, но я надеюсь помочь вам устранить неполадки, так как у меня нет ошибки. Ниже приведен код, информация о графике и сеансе. Похоже, ошибка произошла от clade_functions.R . Первое, что я бы попробовал, это проверить пакеты tidyr и tidytree, похоже, что эта часть сильно зависит от этого. 

library(dplyr)
library(ggtree)

#Create tree
set.seed(123)
tree <- rtree(30)
ggtree(tree)

ggtree(tree) + geom_text(aes(label=node)) + 
geom_tiplab(size=3, offset=0.1) +
geom_hilight(node=3, fill="steelblue", alpha=0.5) +
geom_hilight(node=38, fill="pink", alpha=0.5) +
geom_cladelabel(node=3, label="clade 1", align=T, 
                  color='black', fontsize=2) +
geom_cladelabel(node=38, label="clade 2", align=T, 
                  color='black', fontsize=2)

enter image description here

R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: OS X El Capitan 10.11.6

Matrix products: default
BLAS:   /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/lib/libRblas.0.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[2] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[2] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[2] ggtree_1.16.6 dplyr_0.8.3  

loaded via a namespace (and not attached):
 [2] Rcpp_1.0.2          magrittr_1.5        tidyselect_0.2.5   
 [4] munsell_0.5.0       colorspace_1.4-1    ape_5.3            
 [7] lattice_0.20-38     R6_2.4.0            rlang_0.4.1        
[10] parallel_3.6.1      grid_3.6.1          nlme_3.1-140       
[13] gtable_0.3.0        lazyeval_0.2.2      assertthat_0.2.1   
[16] lifecycle_0.1.0     tibble_2.1.3        crayon_1.3.4       
[19] treeio_1.8.2        BiocManager_1.30.10 purrr_0.3.3        
[22] ggplot2_3.2.1       tidyr_1.0.0         vctrs_0.2.0        
[25] zeallot_0.1.0       tidytree_0.3.2      glue_1.3.1         
[28] labeling_0.3        compiler_3.6.1      pillar_1.4.2       
[31] backports_1.1.5     rvcheck_0.1.5       scales_1.0.0       
[34] jsonlite_1.6        pkgconfig_2.0.3
...