Используйте этот код и, используя fromDesk ('publi c'), добавьте publi c перед путем к файлу.
FFMpeg::fromDisK('s3')->open('/courses/images/1579626678msr-2020-01-21T17-11-18-771Z.webm')
->export()
->toDisk('s3')
->inFormat(new \FFMpeg\Format\Video\X264('libfdk_aac'))
->save('output2.mp4');