Здесь важно то, что NA
логично:
class(NA)
## [1] "logical"
и логические индексы всегда перерабатываются.
seq(1, 4)[c(TRUE, FALSE)]
## [1] 1 3
Если вы используете целочисленное значение NA, тогда это выиграет ' может произойти:
seq(1, 4)[NA_integer_]
## [1] NA