Вы проверяете, является ли строка пустой, с помощью
if not line:
continue
И после этого вы удаляете ее
line = line.strip()
Но когда вы удаляете ее, строка может стать пустой, что вы и не надеваете не проверять.
Исправьте порядок этих строк, поэтому у вас есть:
line = line.strip()
if not line:
continue