Я наконец-то нашел решение. Поскольку я использую MinGW, я использовал менеджер установки MinGW и устанавливал пакеты, которые должны выполнять pthreads и openmp связанные задачи в CLion. Вот процедура.
После открытия менеджера установки go для всех пакетов и выбора пакетов, названных с помощью mingw32-pthreads-w32, и выбора их для установки.
Затем go до установки -> Применить изменения для установки новых пакетов. Вы можете без проблем использовать pthread.h и omp.h внутри вашей программы c или c ++.