Это хороший пример того, почему вы должны использовать DOM-манипуляции, а не innerHTML для такого рода вещей:
var tr = $("<tr>");
var td = $("<td>").appendTo(tr);
$("<a>").text("Directions").attr("href", "#")
.attr("onclick", "return newPopUpWindow('somelink','window', '1000','800','100','0','yes')")
.appendTo(td);
$("#side_bar").append(tr);
В основном все будет правильно для вас.